عزي آية الله العظمى السيد علي الحسيني السيستاني في بيان بوفاة البابا فرانسيس، لافتًا إلى أنه "كان يحظى بمكانة روحية رفيعة لدى كثير من شعوب الأرض واحترام بالغ لدى الجميع، لما قام به من دور مميّز في خدمة قضايا السلام والتسامح، وإبداء التضامن مع المظلومين والمضطهدين في مختلف أرجاء العالم".
وأشار السيد السيستاني في بيان النعي إلى الزيارة التاريخية التي قام بها الراحل إلى النجف الأشرف ولقائه به في "محطة فائقة الأهمية لتأكيد الطرفين على الدور الأساس للإيمان بالله تعالى وبرسالاته والالتزام بالقيم الأخلاقية السامية في التغلب على التحديات الكبيرة التي تواجهها الانسانية في هذا العصر، وضرورة تضافر الجهود في سبيل تعزيز ثقافة التعايش السلمي ونبذ العنف والكراهية، وتثبيت قيم التآلف بين الناس المبني على رعاية الحقوق والاحترام المتبادل بين معتنقي مختلف الأديان والاتجاهات الفكرية".
وختم البيان: "إن المرجعية الدينية العليا إذ تقدم تعازيها ومواساتها لأتباع الكنيسة الكاثوليكية في العالم بهذا المصاب الأليم فإنها تتمنى لهم الصبر والسلوان وتبتهل الى الله العلي القدير أن يتفضّل عليهم وعلى البشرية جمعاء بما يليق برحمته الواسعة من الخير والبركة والسلام".